游戏从头到尾的战斗，乃至boss战中，各类敌人的韧性都是很差的。而且极大部分敌人都没有浮空保护，看似轻描淡写的两句话，其实分量是相当足的。这也就意味着，在绝大多数情况下我们只要出招命中敌人，敌人就会被迫终止自己当前的动作，被我们的攻击打个踉跄。当敌人被击飞后，只要你愿意继续使用将敌人击飞的招式，那敌人就会接着飞。在整个连的过程中，没有任何体力限制和闪避充能限制，整个战斗就明摆着告诉你尽情的连击敌人。
角色不仅性能强、攻击范围覆盖广，反着出一些招也可以命中另一侧的敌人。搭配上随着收集物不断解锁的各种派生动作，就有n种让敌人一直处于浮空的办法。游戏中给了两道题，一个是时不时会出现的带有黄色护甲的敌人。只要护甲在就霸体常驻，任凭你操作，该打你还是打你。二是一些敌人会出紫色招数，这种招数闪避是没有办法规避的，只能躲。
伴随这两道题的加入，一些盾牌类敌人、飞行类敌人、恢复类敌人的加入，整个战斗过程的策略性就大幅提升了。虽说制作组没有给出像忍龙外传那样清晰明确的解题步骤和思路，但是提供了多种忍术。四类大招忍法以及打满敌人底部架势条就可以无条件触发一击必杀的忍杀，手里剑、坠亡等手段让玩家给予反制。整体来看，超级忍的战斗就是爽和更爽，包括boss战在内，没有任何一个敌人设置了反应门槛。
通关游戏之后才会意识到，好像很久没有体会到原来自己才是游戏的主角。超级忍并不是一路砍到底，通关了关闭了游戏就永别了的作品。除了2d平台动作以外还有点别的味，虽说是关卡制的，但还是在初期章节埋下了一些能力锁。等到了游戏中后期能力全部解锁完以后以供复推，在部分关卡中它会更明显的让你去三处地点打开三处锁。只不过把视野拉高一些，能力锁就是需要你跨越章节去开锁罢了。
和这部分相得益彰的，则是那些埋藏在关卡各个位置的奖励。在我们拿到能力之后的复退流程中，会和敌方的精英部队在各类特定地形下展开战斗。一旦击溃了一个关卡全部三个精英部队，则会获得各类加成以供奖励。
